A Coleção Entomológica do Museu Goeldi começou a ser organizada no final do século XIX graças à iniciativa de Adolfo Ducke em 1899. Conta atualmente com um número próximo a dois milhões de exemplares, quase metade destes consistindo em insetos alfinetados, guardados em cerca de 1.400 gavetas. As coleções maiores em alfinetes são das ordens Hymenoptera, Coleoptera, Diptera, Lepidoptera e Hemiptera. O museu é responsável pela guarda de cerca de 2.200 exemplares-tipo (holótipos e parátipos) de mais de 300 espécies de insetos. Nas coleções em meio líquido destaca-se a de Isoptera e de mesofauna de solo. As coleções têm abrangência amazônica, com maior concentração de coletas na parte oriental da região e na área da calha do Rio Amazonas.
 
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