Domingos Soares Ferreira Penna, fundador do Museu Paraense, foi o primeiro a contribuir para a formação do acervo arqueológico, no período de 1871 a 1879. Porém as primeiras peças registradas foram às coletadas por Emílio Goeldi e Aureliano Guedes em 1895 no Estado do Amapá. Após o incremento das coleções proporcionado pela política institucional promovida por Goeldi, no período de 1894 a 1907, poucos objetos foram acrescidos ao acervo até o final da década de 1940. Porém sua importância já estava estabelecida, tanto que no dia 30 de maio de 1940, o acervo do Museu Goeldi foi inscrito no Livro de Tombo Arqueológico e Etnográfico e Paisagístico do Instituto Brasileiro do Patrimônio Cultural (atual IPHAN), tornando-se uma das primeiras coleções arqueológicas brasileiras tombadas.

As pesquisas arqueológicas na Amazônia se iniciam, efetivamente, a partir da década de 1940, quando as coleções passam a ser sistemáticas. Dessa época, destacam-se as contribuições deixadas pelos pesquisadores Clifford Evans, Betty Meggers e Peter Paul Hilbert.

Em 1959 foi incorporada ao acervo do MPEG, uma das maiores e mais importantes coleções particulares da cerâmica de Santarém formada pelo jornalista Frederico Barata durante as décadas de 1930 e 1940. Os estudos detalhados produzidos e publicados pelo colecionador até hoje são referência sobre o assunto.

No período que se estende da década de 1960 até o início da década de 1980, as pesquisas arqueológicas no Museu Goeldi ficaram sob a responsabilidade e coordenação de Mário Simões. Os objetos que compõem o acervo arqueológico, nesta época, eram provenientes de quase todos os estados da Amazônia Legal Brasileira (exceto Acre e Rondônia), inclusive partes do Maranhão e do Mato Grosso, como resultado das pesquisas realizadas pelo Museu.

A partir da década de 1980, o acervo foi acrescido de um grande número coleções arqueológicas sistemáticas provenientes dos estados do Pará e Amapá. Dentre essas, destaca-se um conjunto expressivo de urnas Maracá, oriundas do Amapá, e outro de urnas Marajoara.

No que se refere à composição do acervo arqueológico, o primeiro inventário de que se tem registro é de 1955. Naquela época, o acervo era composto de 34.282 objetos, sendo 34.000 fragmentos e 282 inteiros. Atualmente, a imensa quantidade de coleções adquiridas através das inúmeras e constantes pesquisas realizadas tem dificultado a manutenção de um inventário cujo quantitativo esteja rigorosamente atualizado. Hoje existem no acervo, 110.800 itens já registrados, além de aproximadamente 1.800.000 que se encontram em fase de cadastramento e estudo, para posterior registro. A maior parte do acervo é composta de cerâmica, porém existem ainda objetos em rocha, madeira, osso, louça, ferro e exemplares de "arte rupestre" originais e em reproduções gráficas.

Outro aspecto do acervo arqueológico que é tão importante quanto à formação é o seu gerenciamento. Até o final da década de 1950 as condições de acondicionamento, organização e documentação eram precárias, além do que as coleções arqueológicas e etnográficas permaneceram juntas até 1955. Nesse ano o antropólogo Eduardo Galvão, auxiliado pelo arqueólogo Peter Hilbert, iniciou o processo de separação das duas coleções, concluído em 1962. No mesmo ano, o pesquisador Mário Ferreira Simões foi convidado para assumir a recém criada Área de Arqueologia. Estruturou a área de pesquisa e criou a reserva técnica, o que contribuiu para o fortalecimento do acervo.

Em 1997, o acervo foi transferido do Parque Zoobotânico para o Campus de Pesquisa do MPEG. O novo espaço físico recebeu o nome de Reserva Técnica "Mário Ferreira Simões". O atual prédio conta com uma área total de 531,91m² incluindo a área das coleções, 4 laboratórios e um salão destinados a higienização, análise, classificação e restauração de material.

A infra-estrutura adequada proporcionou melhores condições de segurança e acondicionamento desse acervo que o Museu Goeldi, ao longo da sua existência, vem mantendo sob sua guarda. Criou-se um Sistema de Gerenciamento do Acervo Arqueológico, envolvendo diversos aspectos como: métodos de acondicionamento, climatização do ambiente, higienização, critérios de tombamento, conservação, e informatização. Este último item envolve a criação de bancos de dados, que facilita o acesso a informações e também a localização dos objetos na Reserva.

O reconhecimento da busca constante do aprimoramento das condições de preservação do acervo arqueológico veio em 1998, quando a Reserva Técnica "Mário Ferreira Simões" recebeu o prêmio "Rodrigo de Melo Franco de Andrade", categoria "Patrimônio Natural e Arqueológico", concedido anualmente pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN) às instituições que mais se destacaram na preservação, apoio e divulgação do patrimônio nacional.

Os objetos que compõem a coleção arqueológica do Museu Goeldi têm fundamental importância, pois suas formas, matérias-primas, técnicas de confecção, padrões decorativos, entre outros elementos, refletem os modos distintos de produção, de concepções estéticas, de cosmologia, de costumes; bem como, os diferentes graus de desenvolvimento cultural e de organização social dos povos que habitavam a região amazônica antes da colonização européia. Para os remanescentes desses povos a existência desses objetos marca de forma indelével sua identidade étnico-cultural. Assim sendo o acervo arqueológico do Museu Goeldi tem presença constante em exposições nacionais e internacionais, quando o tema envolve a pré-história amazônica.

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